Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2008年 11月 1日 (土) 04:38:14 JST
g.
1.8.5リリースしました。
基本的にバグフィックスなのですが、今回は大変申し訳ないことに
重大なバグがありました。
GenBankパーサーで、複数行に渡るjoinのパースがうまくいかず、
最初の行だけが読まれていた可能性が高いです。真核生物を扱う
ユーザが極端に少なかったため、これまで見つかってこなかったよ
うです。
v.1.0.0~1.8.4までの全てのリリースに影響があります。この間に
GenBankで真核生物の多数のエキソンを持つ遺伝子に対して
$gb->{$cds}->{end}
や
$gb->get_geneseq($cds)
などの操作を行った場合、間違った結果となっている可能性が
高いです。このような解析を行っていた方は、本当に申し訳ない
ですが結果の確認をしていただく必要があります。
EMBLのパーサには問題ありませんでした。GenBankパーサのみ
がこのバグの影響を受けています。
changelogは以下のとおりです。
===== v.1.8.5 2008.11.01 =====
*fixed a bug of seqinfo() in handling capitalized sequence data.
*fixed $gb->output() bug in handling '%'
*fixed multi-fasta related bug in G::IO::FastaI, and optimized
*fixed gcf file permission
*fixed a bug in GenBank parser. **WARNING: previous versions may
not have correctly parsed "join" definitions that span for multiple
lines.**
この機能を使ったと思われる論文がまだないことが不幸中の幸い
とはいえ、多くの方にご迷惑をおかけし大変申し訳ありません。
Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099
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