Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2016年 1月 4日 (月) 23:54:00 JST
gaou. 新年早々大変申し訳ないご報告ですが、最新リリースの1.9.0のtranslate()関数に重大なバグが見つかりました。 デフォルトパラメータで実行した際に、コドンテーブルが1ではなく25番が選択されてしまうというもので、TGAがGと翻訳されてしまう、というものです。 使用頻度が高い関数だけに大変ご迷惑をおかけしてしまっていると思います。申し訳ありません。 急遽これをfixしたv.1.9.1をリリースいたしましたので、アップデートをお願いいたします。 2014/11/14 5:42、Kazuharu Arakawa <gaou****@sfc*****> のメール： > gaou. > > 前回のリリースから2年半ほどかかってしまいましたが、久々のminor version up となる1.9.0をリリースしました。 > > changelogは以下の通りです。かなり変更が蓄積しているので主要機能を選べないのですが、統計解析系のメソッドが充実しており、とりあえずデータを放り込めば色々情報を出してくれるsummary()関数や、自然言語やtaxonomyに対応したload()関数など、さまざまなものがあります。 > > > > ===== v.1.9.0 2014.11.14 ===== > * added -amino option to to_fasta() > * added -mean option to cumulative() > * added -output=>"f" to nucleotide_periodicity() > * added -table option for Alternative Codon Tables for translate() > * added w_tai() and -tai option to G::Seq::Codon::cai() > * added G::Seq::GCskew::coding_density() > * added G::Seq::Codon::Dmean() > * added G::Seq::Util::refseq2gbk() > * added $gb->annotate(), a wrapper around Restauro-G v.1.5 > * added Rcmd::Summary::summary(), a smart statistical summary interface for given data or data set > * added pca, hclust, som, kmeans (subset of Rcmd but exported by default through G) for statistical analysis > * added G::Tools::EMBOSS::emboss(), which can run both EMBOSS and KBWS applications. seqret() is now deprecated. > * added an option to insert desired number of 'N's between contigs in new G() and load() with 'multiple locus' option. > * switched file conversion process from BioPerl to EMBOSS REST Service. Now the output formats supported are dependent on EMBOSS http://emboss.sourceforge.net/docs/themes/SequenceFormats.html#out, but we now have support for GFF, GFF2, GFF3 output from $gb->output() > * load() can now handle name of the species, its abbreviations, and NCBI taxonomy IDs for bacteria. For example, all of the following examples load E.coli K12 genome (NC_000913). > * $gb = load("Escherichia coli"); > * $gb = load("e.coli k12"); > * $gb = load("511145"); > * $gb->seq_info() now shows number of CDSs (when annotation is present) and number of LOCUSes (with multiple locus option) > * updated G::Seq::Util::molecular_weight() to handle ssDNA, dsDNA, peptide, RNA, and chemical formula > * bug fix for -tag option in w_value() > * bug fix in G::Seq::PatSearch::signature_dist() > * bug fix in G::Seq::Codon for REST services compatibility > * bug fix for reading multi-line, multiple feature tags (ex. multiple long GO_function feature tag within a CDS) > * bug fix for G::IO::Handler::_interpret_format() for embl extension. > * many minor fixes for use from REST/SOAP services, like default file names > * Removed G::Tools::Alignment (clustalw(), _fasta(), _blast(), _formatdb(), blastall(), blat(), which have corresponding KBWS tools) > * Removed G::Seq::AminoAcid::monoisotopic() which was overlapping with residue() > * Removed G::Seq::AminoAcid::peptide_mass() and it is now merged to G::Seq::Util::molecular_weight() > * Removed G::Tools::DotE > * Removed G::Tools::EMBOSS (merged to G::Tools::WebServices) > * Removed requirements of SOAP::Lite, Bio::Perl, Graph::Layout::Aesthetic at installation > * changed default behavior of G::Tools::Statistics::cor() to return Pearson linear correlation instead of R^2 > _______________________________________________ > Glang-users mailing list > Glang****@lists***** > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/glang-users
