[Knob-dev 12] knob1.2プレビュー版

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Kouichi Minamijima minam****@mahor*****
2004年 5月 28日 (金) 11:16:15 JST


マホレックスの南島です。

http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/
に1.2のプレビュー版をアップしました。
まだ細かい点は見てませんが、
基本的な動作は問題なさそうです。
宜しければ、一度確認をお願いします。

ただ、今回は大きめの変更点が一つあります。
 ・Mozilla(browserやmailerなど)を削除し、
  代わりにMozilla-firefoxをインストール
どうしてこうしたかというと、
 ・容量削減の際に苦戦→Mozilla関連を消すと容量がかなり減る
 ・Mailerを使うとしてもsylpheedがあれば良さげ
 ・Mozillaよりfirefoxの方が洗練されてる気がするし、Mozilla使ってた人で
も抵抗はなさそう
と思ったからです。

それと、http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/doc/package.txt を確認して頂けれ
ばわかると思いますが、
今回はかなり多くのパッケージを削除しています。
firefoxの件もそうですが、「これは消さない方が良い」「これは入れてほし
い」「これは消しても良くない?」
みたいなのがあれば、アドバイス頂ければと思います。
#ちなみに容量が肥大している原因の一番大きなのはRライブラリのbioconductor
ですね。
#これだけで300MB超(圧縮前ですが)ありました。。

あと、以下のemboss.defaultの件も反映してあります。



Itoshi NIKAIDO wrote:
> 
> にかいどうです。
> 
> EMBOSS のプログラムから NCBI にアクセスできるようにしてみました。
> KNOB の emboss.defalut へ以下の記述を追加してください。
> 
> 以下の設定を使えば、Refseq と Accession Number を区別することなく
> 配列を取得できます。
> 
> DB GENBANKN [
>    type: N
>    format: genbank
>    method: url
>    url:
> "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?
> db=nucleotide&r
> ettype=gb&retmode=text&id=%s"
>    dbalias: GENBANKN
>    comment: "NCBI IDs"
> ]
> 
> --
> Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
> <itoshi dot nikaido at nifty dot com> / http://itoshi.tv/
> ruby -rbio -e \
> 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\
> puts n.translate.tr!("Q*", "O ")'
> 
> _______________________________________________
> Knob-dev mailing list
> Knob-****@lists*****
> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev



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