Kouichi Minamijima
minam****@mahor*****
2004年 5月 28日 (金) 11:16:15 JST
マホレックスの南島です。 http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/ に1.2のプレビュー版をアップしました。 まだ細かい点は見てませんが、 基本的な動作は問題なさそうです。 宜しければ、一度確認をお願いします。 ただ、今回は大きめの変更点が一つあります。 ・Mozilla(browserやmailerなど)を削除し、 代わりにMozilla-firefoxをインストール どうしてこうしたかというと、 ・容量削減の際に苦戦→Mozilla関連を消すと容量がかなり減る ・Mailerを使うとしてもsylpheedがあれば良さげ ・Mozillaよりfirefoxの方が洗練されてる気がするし、Mozilla使ってた人で も抵抗はなさそう と思ったからです。 それと、http://ftp.mahorex.com/knob/1.2/doc/package.txt を確認して頂けれ ばわかると思いますが、 今回はかなり多くのパッケージを削除しています。 firefoxの件もそうですが、「これは消さない方が良い」「これは入れてほし い」「これは消しても良くない?」 みたいなのがあれば、アドバイス頂ければと思います。 #ちなみに容量が肥大している原因の一番大きなのはRライブラリのbioconductor ですね。 #これだけで300MB超(圧縮前ですが)ありました。。 あと、以下のemboss.defaultの件も反映してあります。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > にかいどうです。 > > EMBOSS のプログラムから NCBI にアクセスできるようにしてみました。 > KNOB の emboss.defalut へ以下の記述を追加してください。 > > 以下の設定を使えば、Refseq と Accession Number を区別することなく > 配列を取得できます。 > > DB GENBANKN [ > type: N > format: genbank > method: url > url: > "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi? > db=nucleotide&r > ettype=gb&retmode=text&id=%s" > dbalias: GENBANKN > comment: "NCBI IDs" > ] > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > <itoshi dot nikaido at nifty dot com> / http://itoshi.tv/ > ruby -rbio -e \ > 'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\ > puts n.translate.tr!("Q*", "O ")' > > _______________________________________________ > Knob-dev mailing list > Knob-****@lists***** > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-dev