どうやら \globaldefs が1になっていたようです.とりあえず,\ltj@@set@stackfont 内では 和文フォントを取得するのに local な代入が必要なので,次の修正を施せばよいような気がします:
--- ../git-repo/luatexja/src/luatexja-core.sty 2011-08-30 19:13:36.568647400 +0900 +++ luatexja-core.sty 2011-08-30 20:01:30.591017244 +0900 @@ -245,8 +245,8 @@ \define@key[ltj]{japaram}{jascriptscriptfont}{% \expandafter\ltj@@set@stackfont#1:{mjss}} \def\ltj@@set@stackfont#1,#2:#3{% - {\ltj@tempcntb=\ltj@curjfnt\ltj@curjfnt=-1 #2% - \global\ltj@tempcnta=\ltj@curjfnt\global\ltj@curjfnt=\ltj@tempcntb}% + \ltj@tempcntb=\globaldefs{\globaldefs0 \ltj@curjfnt=-1 #2% + \global\ltj@tempcnta=\ltj@curjfnt}\globaldefs\ltj@tempcntb% \ifnum\ltj@tempcnta=-1 \@PackageError{luatexja-core}% {\string#2 is not a control sequence that represents \MessageBreakすると,\ltjsetparameter, \jfont も \globaldefs に対応するように改良しないといけませんね. まとめたら commit します.
kitagawa_math ブランチ上の commit 48f4f117 で修正できたと思います.
# 本来は master で修正すべきものですが……いつか全てのブランチをマージしましょうか.
以下の source (scope.tex) において,「お」のサイズが \tiny となります. (LuaTeX SVN r4345 on Gentoo ~amd64 で確認しました)
log の表示を見るに,\ltj@@set@stackfont 内で \ltj@curjfnt = \attribute9 が なぜか global に変更されているようです.