cygwinで良くあることです。
a). まずホームディレクトリに移動します。
~ を押しましょう。
b). 仮想ディレクトリですべてのファイルを表示させます。
Shift + F を押しましょう。コマンドラインの画面になるので、そのコマンドを実行します。
ファイル数によってはかなり時間がかかりますが、すべてのファイルがフォルダ内に表示されるはずです。
c). パーミッションでソートする
s を押してからpを押しましょう。パーミッションが重いファイルが末尾に表示されるはずです。
ついでにShift + v --> p でパーミッションも表示させましょう。パーミッションを表示する場合、端末画面は広いほうがいいです。
d). 実行権が立っているファイルをマークしましょう
実行権が立っているファイルを範囲マークでマークします。マークしたいファイルの先頭で[を押してください。
次にマークしたいファイルの末尾で]を押してください。範囲に入っているファイルがマークされるはずです。
e). コマンド画面に移動します。
ENTERを押せばコマンドラインに移行して
> $$(mfiler4::markfiles)と表示されます。
> ls $$(mfiler4:markfiles) | egrep -v '.git|.exe|configure|.dll' | p | each ( chmod 644 $(|chomp ) )
と僕は入力しました。実行権をそのままにしておきたいファイルは、egrep -v ではじいてます。
（cygwinだったのでexeファイルとdllファイルとconfigureはそのままにしておく)
pコマンドで出力されるファイルを確認します。
each ( chmod 644 $(|chomp) ) で出力の毎行ごとにchmod 644を実行します。
g). 出力されるファイルをpコマンドで確認してください。
出力されるファイルに問題がなければENTERを、もし問題があればCTRL-Cかqを押してください。
CTRL-Cかqを押してエラーを起こさせるとファイラ画面に戻りますが、ファイラ画面では選択したファイルのマークはまだマークされ続けているため
実行権を変えたくないファイルを目で選んでスペースキー（マークの反転)を押してマークを外すか
コマンドラインのegrep -vで実行権を変えたくないファイルの名前ではじくかしてchmodの対象とするファイルから外してください。
h) もう一度pの画面で確認する
問題なければENTERを押してください。chmodが実行されるはずです。
bash + find -exec + chmodでも同じようなことはできますが、mfiler4の場合は目で確認ができるので安心です。
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