ダウンロード&インストール

このライブラリー＆アプリケーションは幾つかのパッケージに分かれています。
目的によっては、全部必要なわけではありません。

リリースパッケージ(-src, -dev などがないもの)は、必要な関連ライブラリーがまとめて
入ってますので、他をダウンロードする必要はありません。

開発者向けソースパッケージ(-src, -dev)には、関連ライブラリーが入ってません。
それぞれ最新バージョンを入手してください。
依存関係などはwiki の方が説明が丁寧です。

共通に必要なもの

 * Java Development Library 1.6 以降 (Sun でも, Oracle でも, OpenJDKでも可)
 * MikuMikuDance (以後 MMDとよばれる.)
 * MMD用のモデル (PMX, PMD, CSV形式)

インストール

 * Java Development Library があるなら、*.jar がコーヒーカップのアイコンで表示されてます。
   なければ、Java Development Library をインストールしてください。(Oracle版)
   Version 1.6 以降ならなんでも動くと思います。(IBM製では、swing を別にインストールする必要があります。）
 * 基本はそれだけです。*.jar はどこにおいてあってもかまいません。普通はあなたが書くプログラムと同じディレクトリ(フォルダー)におきます。
 * 開発者は、 maven を利用することをお勧めします。