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（ジャワ） における次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) を扱うためのツールのセットです。

刺身プロジェクト ホスト トランス プロテオーム パイプライン (TPP)、基づく量産仕様 (MS、MS/MS) のためのツールの成熟したスイート プロテオミクス: 統計的検証、定量、視覚化、および私たちのオープン mzXML 形式に raw の MS データからコンバーター。

遺伝データを処理するためのツールキットです。現在サポートする (コマンドライン): 半 IBD （降下によってアイデンティティ） 別名 HIRs - (距離とで cM); ファイルの 2 または任意の数の間RAW2PED、PED2RAW の変換;homozygousity と他のコンバーターの地域。

フルティルト シリーズ生物試料の透過電子顕微鏡像のシミュレーション。

ロゼッタは、Java で書かれたオクテットに基づく分子言語フレームワークです。

Subread ソフトウェア パッケージは、次世代シーケンサーのデータを処理するためのツール キットです。Subread アライナには、Subjunc エクソン エキソン接合検出器には featureCounts 要約を読むプログラムが含まれます。Subread のアライナは gDNA seq と RNA シーケンシャル ・ リードを配置する使用ことができます。Subjunc アライナ エクソン エキソンジャンクションの検出のために設計されました。RNA シーケンシャル ・ リードのマッピングを Subread 局所アライメントを実行する Subjunc を世界的な配置を実行します。Subread と Subjunc は、次のペーパーで出版された: 遼陽、ゴードン ・ K ・ スミスと魏市。"Subread のアライナ: 種子の投票による高速、正確かつスケーラブルな読み取りマッピング」、核酸の研究、2013 年 41 (10): e108

JChemPaint アプレットと Swing アプリケーションはほとんどの化学教科書で見つけられるそれらのような二次元化学構造を描画するための Java プログラムです。それは化学開発のキット (cdk.sf.net) に基づいています。Http://jchempaint.github.com ダウンロード、追跡、およびソース コード リポジトリで掲載することができます。

理想的な操作システム、処理および生物学的データの分析の科学者が毎日公式ビジネス処理の簡単な使用、特にカスタマイズされたシステムである !BioInfoServOS が配布されています。公式サイト： http://edu.bioinfoserv.org (edu.bioinfoserv.org)

Cca フォーラム一般的なコンポーネント アーキテクチャ ツールやチュートリアルを統一します。HPC、および関連ツールの CCA 仕様、Ccaffeine フレームワークが含まれています。これらは多言語科学並列計算をサポートします。

ロースは C++ で書かれた分子シミュレーション データを分析するための新しいツールを作成するための軽量オブジェクト指向ソフトウェア ライブラリです。主な設計目標は、簡単にメソッドを実装する新しい分析のカジュアルなプログラマーを許可します。

NOC はオープン ソース開発ツールキットおよび表示、タンパク質構造の可視化、解析、結晶学的マッピング、モデリング、および洗練された、Gromacs/アンバー MD 軌道の強力な分子エクスプ ローラー映画作り.

Meredys （メゾスコ ピック反応動力学シミュレータ） は粒子ベース モデルし、反応拡散系をシミュレートするように設計の確率的シミュレーション ソフトウェアです。(http://www.ebi.ac.uk/compneur-srv/meredys.html)

このプロジェクトの目的は、環境試料から得られた dna の分類の割り当ての自動パイプライン作成します。これらのシーケンスの分類割り当てに底生環境試料から得られた生シーケンス データを処理する python スクリプトのシリーズを開発、最終的にリレーショナル データベース内のすべてのデータを統合します。